Juan Santos Atahualpa fue un líder indígena que encabezó un levantamiento anticolonialista en el Virreinato del Perú al promediar el siglo XVIII.
Es muy poco lo que se sabe de su vida. Según algunos datos, podría haber nacido en 1712 en Cusco, o Cajamarca. Se afirma que estudió con los jesuitas en el Colegio de San Francisco Borja de Cusco y que por medio de éstos viajó a Europa y a África. También se dice que en esos viajes trabó contacto con los ingleses. Todos coinciden en afirmar que era un hombre culto, dominaba el español, quechua, latín y varios dialectos indígenas.
En 1742 se lo ubica en la selva central peruana. Hay quienes dicen que venía huyendo luego de haber asesinado a un cura jesuita. Lo cierto es que en ese año se inicia el levantamiento contra las autoridades españolas. Santos Atahualpa había llegado a la región autoproclamado como Apu Inca, diciéndose descendiente de los monarcas cusqueños, por lo cual iba a iniciar la lucha para liberar a los pueblos indios de la opresión española hasta lograr la restauración del imperio incaico.
Atahualpa estableció su cuartel general en el Gran Pajonal, habitado por diferentes etnias selváticas. Desde allí arrasó con todas las reducciones franciscanas de la zona y estuvo a punto de tomar la ciudad de Tarma. El objetivo era Lima, pero nunca lo pudo alcanzar. Las tropas enviadas por el Virrey fracasaron en el intento aplacar la rebelión, y ésta se sostuvo por casi 14 años.
Si bien Santos Atahualpa mantenía las características de un líder mesiánico, las causas de la rebelión se sustentaban en las arbitrariedades que los propios franciscanos y los propietarios colonialistas sometían a los indígenas, irrespetando su cultura y abusando de ellos.
En 1756 Santos Atahualpa desapareció. Nunca más se supo de él. Las versiones sobre su paradero fueron muchas, pero ninguna confirmó nada. La unidad que él pretendió entre los indígenas selváticos y los serranos no prosperó y la insurrección se fue apagando paulatinamente. No logró sus objetivos, pero Santos Atahualpa tampoco fue derrotado.